โดยการจับสลากในครั้งนี้ ทางฝ่ายจัดการแข่งขันได้วางสายไปจนถึงรอบชิงชนะเลิศ ซึ่งจะแข่งแบบเหย้า-เยือนจนไปถึงรอบรองชนะเลิศ ส่วนนัดชิงชนะเลิศ จะทำการแข่งขันกันนัดเดียวที่สนามศุภชลาศัย โดยผลการประกบคู่ในรอบ 16 ทีมสุดท้ายมีดังนี้
คู่ที่ 1 ทีโอที แคท เอฟซี พบ บุรีรัมย์ พีอีเอ
คู่ที่ 2 ศรีสะเกษ เมืองไทย เอฟซี พบ เมืองทองฯ ยูไนเต็ด
คู่ที่ 3 ปตท.ระยอง พบ โอสถสภา เอ็ม 150 สระบุรี
คู่ที่ 4 ไทยฮอนด้า พบ พัทยา ยูไนเต็ด หรือ เชียงราย ยูไนเต็ด
คู่ที่ 5 ศรีราชา เอฟซี พบ ราชนาวี ระยอง
คู่ที่ 6 หนองคาย เอฟที พบ ชลบุรี เอฟซี หรือ บางกอกกล๊าส เอฟซี
คู่ที่ 7 อาร์แบค เอฟซี พบ แบงค็อก ยูไนเต็ด
คู่ที่ 8 สมุทรสงคราม เอฟซี พบ การท่าเรือไทย เอฟซี
ซึ่งทีมที่มีอันดับต่ำกว่าหรืออยู่ลีกต่ำกว่าจะต้องเล่นเป็นเจ้าบ้านก่อน ซึ่งนัดแรกจะทำการแข่งขันในวันที่ 20 ต.ค. 53 ส่วนนัดที่ 2 แข่งวันที่ 27 ต.ค. 53
แต่จะมี 4 คู่ ที่นัดแรกต้องแข่งในวันที่ 27 ต.ค. 53 และนัดที่ 2 จะต้องแข่งในวันที่ 30 หรือ 31 ต.ค. 53 ซึ่งได้แก่คู่ระหว่าง ทีโอที แคท เอฟซี กับ บุรีรัมย์ พีอีเอ, ปตท.ระยอง กับ โอสถสภาฯ, หนองคาย เอฟที กับ ชลบุรี หรือ บางกอกกล๊าส และคู่ อาร์แบค เอฟซี กับ แบงค็อก ยูไนเต็ด
ส่วนในรอบ 8 ทีมสุดท้าย จะเป็นการพบกันระหว่าง ผู้ชนะคู่ที่ 1 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 2, ผู้ชนะคู่ที่ 3 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 4, ผู้ชนะคู่ที่ 5 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 6, ผู้ชนะคู่ที่ 7 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 8 ซึ่งในรอบนี้ ทีมที่มีอันดับต่ำกว่าหรืออยู่ในลีกต่ำกว่าจะต้องเล่นเป็นเจ้าบ้านก่อนเช่น เดียวกัน ซึ่งนัดแรกจะแข่งในวันที่ 3 พ.ย. 53 ส่วนนัดที่ 2 แข่งวันที่ 7 พ.ย. 53
สำหรับรอบรองชนะเลิศ ผู้ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 1 จะพบกับ ผู้ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 2 และ คู่ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 3 พบ ผู้ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 4 ซึ่งในรอบรองชนะเลิศนี้ ทีมที่มีอันดับต่ำกว่าหรืออยู่ในลีกต่ำกว่าจะต้องเล่นเป็นเจ้าบ้านก่อนอีก เช่นเดียวกัน ซึ่งนัดแรกจะแข่งวันที่ 10 พ.ย. 53 ส่วนนัดที่ 2แข่งวันที่ 14 พ.ย. 53 ขณะที่รอบชิงชนะเลิศ จะทำการแข่งขันกันในวันที่ 21 พ.ย. 53 ที่สนามกีฬาแห่งชาติ ศุภชลาศัย
คู่ที่ 1 ทีโอที แคท เอฟซี พบ บุรีรัมย์ พีอีเอ
คู่ที่ 2 ศรีสะเกษ เมืองไทย เอฟซี พบ เมืองทองฯ ยูไนเต็ด
คู่ที่ 3 ปตท.ระยอง พบ โอสถสภา เอ็ม 150 สระบุรี
คู่ที่ 4 ไทยฮอนด้า พบ พัทยา ยูไนเต็ด หรือ เชียงราย ยูไนเต็ด
คู่ที่ 5 ศรีราชา เอฟซี พบ ราชนาวี ระยอง
คู่ที่ 6 หนองคาย เอฟที พบ ชลบุรี เอฟซี หรือ บางกอกกล๊าส เอฟซี
คู่ที่ 7 อาร์แบค เอฟซี พบ แบงค็อก ยูไนเต็ด
คู่ที่ 8 สมุทรสงคราม เอฟซี พบ การท่าเรือไทย เอฟซี
ซึ่งทีมที่มีอันดับต่ำกว่าหรืออยู่ลีกต่ำกว่าจะต้องเล่นเป็นเจ้าบ้านก่อน ซึ่งนัดแรกจะทำการแข่งขันในวันที่ 20 ต.ค. 53 ส่วนนัดที่ 2 แข่งวันที่ 27 ต.ค. 53
แต่จะมี 4 คู่ ที่นัดแรกต้องแข่งในวันที่ 27 ต.ค. 53 และนัดที่ 2 จะต้องแข่งในวันที่ 30 หรือ 31 ต.ค. 53 ซึ่งได้แก่คู่ระหว่าง ทีโอที แคท เอฟซี กับ บุรีรัมย์ พีอีเอ, ปตท.ระยอง กับ โอสถสภาฯ, หนองคาย เอฟที กับ ชลบุรี หรือ บางกอกกล๊าส และคู่ อาร์แบค เอฟซี กับ แบงค็อก ยูไนเต็ด
ส่วนในรอบ 8 ทีมสุดท้าย จะเป็นการพบกันระหว่าง ผู้ชนะคู่ที่ 1 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 2, ผู้ชนะคู่ที่ 3 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 4, ผู้ชนะคู่ที่ 5 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 6, ผู้ชนะคู่ที่ 7 พบ ผู้ชนะคู่ที่ 8 ซึ่งในรอบนี้ ทีมที่มีอันดับต่ำกว่าหรืออยู่ในลีกต่ำกว่าจะต้องเล่นเป็นเจ้าบ้านก่อนเช่น เดียวกัน ซึ่งนัดแรกจะแข่งในวันที่ 3 พ.ย. 53 ส่วนนัดที่ 2 แข่งวันที่ 7 พ.ย. 53
สำหรับรอบรองชนะเลิศ ผู้ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 1 จะพบกับ ผู้ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 2 และ คู่ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 3 พบ ผู้ชนะจากรอบ 8 ทีมคู่ที่ 4 ซึ่งในรอบรองชนะเลิศนี้ ทีมที่มีอันดับต่ำกว่าหรืออยู่ในลีกต่ำกว่าจะต้องเล่นเป็นเจ้าบ้านก่อนอีก เช่นเดียวกัน ซึ่งนัดแรกจะแข่งวันที่ 10 พ.ย. 53 ส่วนนัดที่ 2แข่งวันที่ 14 พ.ย. 53 ขณะที่รอบชิงชนะเลิศ จะทำการแข่งขันกันในวันที่ 21 พ.ย. 53 ที่สนามกีฬาแห่งชาติ ศุภชลาศัย